Tras la presentación de varios trabajos , reconoce que no la dieron demasiada importancia por el hecho de ser mujer. Le daban temas de trabajo sin demasiado interés, pensando que lo dejaría sin mas. Esta idea y pensamiento de otros científicos masculinos respecto a ella lo sufrió durante toda su vida, ella misma siempre denuncio este machismo que sufrían muchas mujeres dedicadas a la ciencia.
Empezó su doctorado en genética bioquímica, donde desarrollaría sus primeros logros. Tras conocer a severo Ochoa se traslado a escuela de medicina de la universidad de nueva york donde según contaba no se sentía discriminada por ser mujer, pudiendo desarrollar su propia personalidad. Aquí, en este pais sus logros se reconocían con gran entusiasmo.
Despues de tres años volveria a España para seguir desarrollando la biología molecular, aun sabiendo lo que podrían encontrarse en el campo de la investigación. Se encontraron un pais desierto científicamente hablando y se planteo junto a su marido, también científico, empezar a trabajar en el campo de virus y bacterias, es decir,las proteínas en el ámbito genético. Todo un avance Pero según decía volveria a sentir la discriminación, en España era la mujer de Eladio viñuelas. Margarita siguió desarrollando su carrera con grandes logros descubriendo en primer lugar el ADN, esto supuso un gran descubrimiento en la genética.
Durante 23 años fue profesora de genética molecular en la facultad de quimicas de la universidad complutense de Madrid. Obtuvo números premios como investigadora y ha sido reconocida con numerosas distinciones. Ha sido todo un referente en la investigación de alto nivel Siempre reivindicando apoyo y financiación para la investigación.
“Un pais sin investigación es un pais sin desarrollo”